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无名2009/11/14 大家来玩游戏吧在这本书里看到这个游戏：
后来想想可以用google docs玩这个游戏，于是pala搞了挑数字游戏Web2.0版。 游戏暂时告一段落啦，等我们想个更有效率的方法再继续。 目前前6轮累积结果： olivefee 以2次获胜 名列第一！ 每10个人算一组，每组里最小且不重复的数字的提交者获胜。如此循环，日积月累，直到大家都玩累了，我会送出个小礼物给累积获胜次数最多的同学。 （注意啦，由于是每10个人一组，大家只要考虑其他9个人的策略，所以，我99%肯定，写100以上的是不会赢的啦。） 以上的表格和pala那里的表格是一样的，大家在一处填写就可以啦。 我会在下面更新每轮获胜者。
p.s.此游戏精妙之处在于没有必胜策略，可以用反证法，如果有必胜策略，则大家都会采用此策略，则大家选的数字一样，则不能获胜了。 我们觉得，如果这个游戏每次玩都是相互独立的，则获胜的数字应该是完全随机的。但是如果连续玩，大家可以通过前几次的结果猜测其他人当前的策略，于是应该会很有意思。 2009/10/20 一棵树我家门前有一棵树。 春天，她沉睡着不肯醒来，其他的树已经郁郁葱葱，她小芽才露。  夏天，她终于也长满了叶，但是毫不起眼，和其他的树一样，默默地当背景。  秋天，她似乎想表达些什么。  然而，提早来袭的大雪使她抬不起头。  她不能逃避，甚至不能抖落些许身上的重负。然而她没有放弃希望。 风雪过后，她终于在阳光下绽放。  众人的目光，也聚焦在她身上。（那天我同学来我家，说你这里好漂亮，跟风景名胜区似的。我说，你只是说那个树漂亮吧。她说，是啊。）  虽然，她知道冬天的脚步近了，将带走她夺目的光彩。  但是，她无畏寒冷，在沉默中积蓄着力量。因为她知道，来年自己将更加绚烂。  （感谢pala和alex同学友情提供照片。这些照片很多都是不经意间拍的，没想到连起来竟然概括了一棵树的四季。虽然只是一棵树，但是她已经是我们生活的一部分。） 雪后初晴上路骑行话说周四和周五下了今年冬天第一场雪，打破了State College有史以来最早下雪的记录（我猜State College有文字记载的历史也就200年）。  （更多照片…国内被封） 周六又下雨，周日终于看到了阳光，于是我们一行四人准备骑车去看雪后秋景。宾州的秋天本来就色彩缤纷，现在加上雪的白和天的蓝，更是无敌。 我们骑了传说中的Circleville loop，话说我和pala两年前的冬天就骑过这里。故地重游，别有一番滋味。     （更多照片…国内被封） 同行的Ye, Yongfeng, Wenying同学不时被美景拖住脚步，于是花了3个多小时才骑完全程，32km，均速16km/h =.= 今天晴空万里，天气也十分暖和，于是下午和pala决定再去这里飚车，真是超级爽，2小时搞定，均速20.93km/h（虽然我最后一段努力刷均速，但是由于全是上坡，还是没保住21km/h的均速，哭）。最爽的一段是10km的550，基本都是用3×8骑的，速度从没下过30, 最快瞬时速度51.72km/h。当时只是郁闷骑的不是公路，因为调到最大尺比都会踩空。路好阳光好，只是雪全都消失了，没想到前天像冬天，昨天是秋天，今天仿佛回到夏天。     2009/10/18 你什么动机？(转载)“生在中国是一种不幸，有太多的事情让人痛苦和难过；生在中国也是一种幸福，每天都可以看到改变，看到新的希望。” 为啥我看到的更多的是前半句，尤其是看过这组照片之后。嗯，我还是相信中国是有希望的，尤其是在这样的社会环境下，仍然有许多许志永这样的人，坚持自己的理想。 你什么动机？ 许志永 2005年1月 刚回到国内没几天就接到党委书记转告“有关部门”对我的警告，说不准再参加任何社会活动，否则可能会被学校解聘甚至失去人身自由。我问，过去一年多的时间里，我做什么违法的事情了吗？我没有任何激进的想法，从来都是主张渐进地推动社会进步，我所做的一切只是在尽一个公民的责任而已。新的一年我可以更低调，但有的事情，我不能不做。除了学术研究和未结的南方都市报案以外，我目前只打算参与一个案件，就是承德陈国清等人历经十年的冤案。如果没有人帮他们，这四个曾经被判过五次死刑的无辜的年轻人将在监狱里度过冤屈的一生。为什么就不能帮他们？请给个理由！ 你帮助他们，图个什么？难道就没有别的动机？书记转述别人的疑问。是啊，你不好好写论文评职称混官职挣大钱，却要经常帮助那些遭受不公正待遇的人，帮别人打官司还不要钱，你什么动机？是啊，你想学雷锋啊，你什么动机？！ 你有什么动机？我也经常反问自己。尽管这是一个很可怕的逻辑背后一个很变态的问题，我仍然有必要认真思考认真回答。我能想到的唯一自私的动机是，我是为了自己的幸福和快乐。当收容遣送制度宣布废止的那一刻，我是幸福的；当孙大午走出牢狱我们拥抱的那一刻，我是幸福的；当我和陈国清他们的家人拉扯了很长时间终于拒绝他们硬塞我的钱时，我是幸福的；当这四名沉冤十多年的中国公民最终获得公正走出监狱和家人拥抱的那一刻，我将是幸福的。如果有一天我的祖国像很多很多现代国家一样充满公正和谐，而我曾经在这样的历史进程中曾有过哪怕一点点贡献，我会是幸福的；是的，我在追求着自己的幸福，帮助更多的人能让我感到幸福。 为了自己更大的幸福，我需要在有限的时间内作更多更有意义的事情，因此我的行为必须有所取舍。我总是渴望通过一个个案帮助很多人，所以必须选择具有普遍社会意义的个案，当然，这意味着我很多次很快愧疚地拒绝那些渴望帮助的人。我总是渴望通过一个研究报告能为社会进步做出更大的贡献，所以必须做最前沿的课题研究。我总是渴望通过建立在个案之上的一些现代理念或制度得到推广，所以必须有媒体的帮助。如果为了在有限的生命中做更多的事情必须具备某种影响力的话，我不会拒绝，具备影响力不是目的，而是一种责任，是必须承担的责任。 如果有人非要说这就是政治的话，我不会逃避。你有什么政治目的？这是一种很怪异的猜疑。在中国漫长的历史上，帝王将相们为了个人权力不择手段，他们为了自己的私欲，不会在乎“白骨露于野，千里无鸡鸣”，不会在乎在和平年代里数千万人饿死，政治成了阴谋、邪恶的代名词，这真是中国人的不幸。我梦想的中国是一个自由公正的国家，它应该有一种制度，以保证政治家是一群把为公众谋福利当成自己事业的人，至少，那些为自己私欲不择手段的阴谋家不能在这片土地上以胜利者的姿态趾高气扬。我无意追求权力，我只是不会逃避责任而已。如果有一天，政治这个词不再意味着残暴的权谋，而是意味着为公众谋福利，意味着道德和良知，那我不会拒绝政治。但是今天，如果有人说我的行为是在为政治目的同时又把政治理解为阴谋和权术，那我必须声明我所从事的不是政治。 把自己大量时间用来做社会公益事业，这并不是说我比别人更崇高，这只是一个人的天性而已。每个人都在追求自己的幸福，每个人都在以自己的方式与他人分享自己的幸福。我没有能力成为一个艺术家给社会带来艺术的美，没有能力成为一个企业家挣得巨额物质财富捐献给社会，没有能力成为一个科学家去解决人类面临的科学难题，没有能力成为一个优秀的学者带给社会新的思想，我甚至也没有能力成为一个不闻世事默默无闻只照顾自己家庭幸福的人，因为面对不公正的时候我控制不了自己的愤怒和悲哀。在人生旅途中，我已逐渐放弃了很多很多梦想，但我没有学会沉默。今天，我最大的幸福就在于辛勤工作通过个案或者研究推动社会进步给更多的中国人带来尊严和幸福。或许，应该反过来说，如果我不那样做心里就不快乐，看到那些残酷的不公正我就会感到痛苦。这是我的天命，为了幸福，或者更确切地说，为了避免痛苦，避免自己的痛苦，我必须努力工作，努力帮助那些遭受不幸的同胞。 帮助别人是一种幸福。比尔盖茨每年给非洲的儿童捐助他是幸福的，克林顿退休以后住在美国的黑人区他是幸福的，一个孩子扶一个盲人过马路的时候他们都是幸福的。幸福可以无限分享，其实很多人都有这样的感觉，都有这样的渴望。相反，那些逃避责任的甚至主动给别人制造苦难的人，内心深处一定会受到良心的谴责，他们最终不会得到幸福。我相信这样一个简单的常识，并且愿意和很多很多愿意帮助别人的人一样，成为一个忠实的实践者，成为一个幸福的人。 你什么动机？在一个道德被权力严重败坏的时代，权势者对一个真诚从事公益事业的人提出这样的质疑，并不令人感到吃惊。而一个真诚的理想主义者，面对这无论多么荒诞的问题，都有必要认真回答。生在中国是一种不幸，有太多的事情让人痛苦和难过；生在中国也是一种幸福，每天都可以看到改变，看到新的希望。我渴望一个自由公正的社会并将为此付出一生的努力，我没有在理想主义旗帜的背后埋藏任何阴谋。我顺应天命，忠于良知，追求自己的幸福，如果说，我在追求自己幸福的过程中，给一些素不相识的人带来了幸福，我愿意和他们一起分享这份感动。 因为有你们在，我永不放弃 许志永 2005年10月7日 2009/9/25 An interesting puzzle
I like this puzzle! You may think it is easy for several times, only to find yourself such an idiot soon. You can vote on the original post if you need a hint. Happy Friday! By the way, can anyone tell me how I can activate the ibus input method on Ubuntu 9.10?? 2009/9/15 关于Japanese English的冷笑话Supplies A foreman was assigned three new workers, two big strong local men, and a little guy from Japan. Because of their size, the foreman gave the two locals the digging work, and told the Japanese man “You’ll be in charge of supplies.” After an hour or so, the foreman came back to check on their progress only to find the two locals sitting down doing nothing. “What happened? Why aren’t you at work?” The men replied that their tools were broken and that the Japanese man in charge of supplies, had disappeared. Worried, the foreman ordered the two men outside the mine to help look for the little guy. Just when they were about to give up the search, the Japanese guy jumps up from behind a rock and yells “Supplies!!” 一个有点变化的中文版本（ms too old） 一个德国人、法国人、及一个日本人要到矿场工作。 老板是美国人，他对德国人说：你体格不错，你负责苦力。 对法国人说：你说你是工程师，你负责采矿的计划。 而对日本人他说：你很瘦小。你负责supplies( 补给) 。 然后隔周，他们开始上工。 几天后德国人及法国人发现日本人不见了，找了很久后他们决定还是先回头工作。” 德国人开始工作的时候，日本人突然跳了出来，大声叫到： “SUPPLIES!!” 2009/9/14 今日骑车路线View State College south bike paths in a larger map 感谢和我同行的三个人，Yong, Ye, Wenying，骑得很爽，最后在Creamary吃冰淇淋聊天也很开心。 可惜木有合影，几张超级糊的sgnv照片在此。(国内被墙，请自行翻墙，看不了不要怪我） 2009/9/7 The Road Not Taken看了李开复的我的新公司：创新工场一文，发现我也曾经喜欢这首诗：
2009/9/6 从无人问津到淘金热--微RNA研究简史今天师兄Charles推荐了2008年Lasker Basic Medical Research Award得主之一Victor Ambros的一篇文章: Ambros, V. (2008). The evolution of our thinking about microRNAs Nature Medicine, 14 (10), 1036-1040 DOI: 10.1038/nm1008-1036 题外话一下，Lasker Award是诺贝尔奖的摇篮，50%的Lasker奖得主都获得了诺贝尔奖，可见Ambros有多牛，微RNA有多么重要。 Victor Ambros是微RNA (microRNA) 的发现者之一。微RNA （又译作小分子RNA），是在动物和植物体内广泛存在的大约由20-25个核苷酸组成的单链RNA，现在已知的作用是在转录后调控基因表达。 而在1993年Victor Ambros等人在线虫中首次克隆出第一个微RNA lin-4 之前，我们根本不知道这种小分子的存在。 早在1989年，Victor就发现线虫 ( C. elegans) 中有个基因 lin-4 抑制另一个基因 lin-14，他们知道 lin-14表达一种调控发育的蛋白质，于是他们认为 lin-4 应该也表达一种调控蛋白质，因为基因转录成RNA并翻译成蛋白质是当时认为的公理。1993年，Victor的学生 Rosalind Lee 和 Phonda Feinbaum 克隆出了 lin-4，却发现这个基因非常小，而且这个基因的产物不是蛋白质，而是一个长度只有22个核苷酸的小RNA。它是由单链的RNA分子产生，这个分子的一端折回来形成不完全的互补配对（下图），人称发卡结构，因为长的像发卡嘛，现在我们称之为前体微RNA (pre-miRNA)，因为微RNA就是由这个大一点的RNA分子加工产生的（下图中深蓝色或红色的那段）。
与此同时，Gary Ruvkun（2008年Lasker奖另外一个得主）的实验室发现 lin-14，就是lin-4抑制表达的那个基因的3′端非翻译区 (3′ UTR) 对 lin-4 的功能是很重要的，如果破坏了这段区域，lin-4就不再抑制 lin-14。Gary和Victor继而发现，lin-14 的 3′ UTR 与lin-4是部分互补配对的，于是lin-4可以通过碱基间氢键的作用与 lin-14 结合，进而抑制 lin-14 （下图，注意这里 lin-4的序列要从右往左看）。
于是大家欣喜的认为他们发现了一类新的RNA，于是他们就在线虫的近亲里面寻找 lin-4和lin-14的同源基因，结果非常令人失望，他们啥也没找到。于是Victor觉得，也许lin-4的存在仅仅是线虫偶然进化出来的特例。十几年前，生物学家已经有了很好的模型解释基因调控，就是其他基因表达的蛋白质产物是调控因子，他们并不需要微RNA来解释这一切。于是在2000年以前，对微RNA的研究停滞不前。 终于到了2000年，Gary Ruvkun的实验室发现了线虫中的第2个微RNA let-7。和lin-4很相似，let-7长度是21个核苷酸，也是由发卡结构的前体RNA产生，然后与它调控的和发育相关的基因 lin-41 的mRNA部分互补 （下图红色）。
两种不同的微RNA的存在似乎表明，微RNA可能真的在生物界广泛存在。确实，Gary和同事们很快发现，let-7在许多动物物种内都存在，而且序列完全一样。下图是 lin-4 和 let-7 在不同物种间序列的比较。可以看出线虫的 lin-4和其他物种的 lin-4 （由于差异太大，名字都改成别的了，叫 miR-125） 序列间的差异很大（22个核苷酸里有3个不同），而 let-7的序列，从线虫到果蝇到小鼠到人，都是一样的（除了末尾那个）。
于是 Gary和Victor就着手寻找线虫中的其他微RNA。Victor在文章中回忆说，他们天真的以为只有他们在做微RNA的研究，因为这么多年以来，没有其他人对此感兴趣。一次有关线虫的会议上，他听到传言说 David Bartel（偶老板的老板耶） 在克隆线虫的微RNA，也没放心上，只想了下:”Bartel？…他根本不是搞线虫的” (言下之意，这是哪里的无名小卒啊）。 于是Victor和Rosalind不紧不慢的寻找微RNA中，基本上一天就能发现一个新的，他正自我陶醉时，Science杂志让他审阅 Tom Tuschl实验室的一篇投稿。那是2001年8月6日星期一，他“恐怖地”（原文如是说。。）发现，那篇手稿报道了果蝇和人中发现的微RNA！于是他周二一大早向Cell杂志预投递了他们的研究概要，说明他们发现了线虫中更多的微RNA，结果Cell没有向他们投出橄榄枝。于是周二下午，他们询问Science是否可以接收他们的研究。Science的编辑说，没问题，只要你们周五前把手稿提交就行，另外，这位编辑说，David Bartel也投了一篇内容相近的手稿。Victor默念，啊，那个Bartel ! (估计他悔不当初吧） 于是接下来的 60个小时，Victor和Rosalind不眠不休，补实验，写初稿（对的，初稿啊！），终于他们的论文和Tuschl、Bartel的另外两篇文章同时被接受了。不过，Victor写道，所有的审稿人都说，他们的手稿写得实在太烂了！ （如果你没当过烟酒僧这段可能难以理解，不过在科学界，如果你的论文发表在同类研究之后，就不被认为有原创性，影响力就大大降低了）。  从此，微RNA的研究一发不可收拾，从无人问津迅速变成了遍地是黄金。科学家陆续发现许多微RNA都存在于多个物种，说明他们的起源很古老。在动物中，微RNA通常可以调控数十个基因，等等等等 (有机会我再专文论述哈）。现在基本上平均每天有一篇关于微RNA的研究论文问世，但是关微RNA仍然有很多未解之谜。比如： 动物中，微RNA通常仅通过6-7个核苷酸与被调控基因作用，但是并不是所有具有与这段序列互补的序列的基因都被调控。那么，还有什么其他因素决定微RNA到底调控哪些基因？ Victor说，也许仍然需要许多年才能解答关于微RNA详细作用机制的问题，但是相信问题的答案将会很有价值。（我补充下，因为现在已知很多微RNA都与癌症的产生有关，于是微RNA的作用机制对理解癌症的机制也会有帮助，也许这也是为什么Victor获得了Lasker基础医学研究奖）。 2009/8/30 用R进行芯片数据的主成份分析和聚类分析（课程作业备份）很久以前的作业了，自己都看不懂了，传上来有需要的人自己研究一下吧。 我们的课程主页：http://www.stat.psu.edu/~chiaro/BioinfoII_08/ 主成份分析 Principal Components Analysis 聚类分析 Clustering 2009/8/27 通过转录来沉默DNA—- 很久以前的生物课上学过，真核生物的RNA聚合酶有3种： Pol I 转录DNA产生核糖体RNA Pol II 产生mRNA Pol III 产生tRNA 2005年，数个研究小组同时发现，在植物里还存在另外两种RNA聚合酶，Pol IV 和 Pol V。 Pol IV 和 Pol V 和 Pol II 在结构上有很多相似之处，但是他们的作用不是把 DNA 转录成 RNA 进而从事细胞内的生命活动（比如合成蛋白质，组成核糖体等），而是引起染色质的甲基化从而进行基因沉默。前人已经发现 Pol IV 是真正的RNA聚合酶，它转录产生一种称做siRNA的小分子RNA。而 Pol V 的作用一直是个谜，它只是长的像RNA聚合酶，还是真正能转录DNA形成RNA呢？ 如果它真的能转录产生RNA，它的目的又是什么呢？ Wierzbicki 等人2008年发表在 Cell 杂志上的文章发现了 Pol V 转录后产生的 RNA，因此证实了 Pol V 确实是RNA聚合酶。他们提出了3个Pol IV 和 Pol V导致基因沉默的模型，下图是他们认为最可能的：  首先，Pol IV把DNA转录成很长的RNA（单链的），再由 RDR2 (以RNA为模板的RNA聚合酶）变成双链RNA，再被切成小分子的siRNA，然后结合到AGO4蛋白上。与此同时，Pol V 也把同个位置的DNA转录成RNA，然后AGO4-siRNA复合体就和Pol V 转录产物结合，指引其他染色质修饰蛋白结合到染色质上，把染色质甲基化，而甲基化带来了基因的沉默。 这里要澄清的一点是，通常 Pol IV 和 Pol V 转录的区域并不是基因（传统意义上的，表达蛋白质的）密集的区域，而是重复序列和转座子等。这些序列的表达对细胞通常没啥好处，于是生物有不同的机制来沉默这些序列。植物就通过 Pol IV 转录加工产物和 Pol V 转录加工产物的结合来指引能甲基化染色质的蛋白质们来灭了这些有害序列。 于是产生了一个有趣的悖论，Pol V 转录 DNA 是为了使这段 DNA 不再被转录。 WIERZBICKI, A., HAAG, J., & PIKAARD, C. (2008). Noncoding Transcription by RNA Polymerase Pol IVb/Pol V Mediates Transcriptional Silencing of Overlapping and Adjacent Genes Cell, 135 (4), 635-648 DOI: 10.1016/j.cell.2008.09.035 2009/8/25 W老教授语录W是我朋友Q mm 和 G mm的导师，之前不多的接触主要是上他讲的生物信息学课，凡是有人上课问他问题，他就回一句：What do you think? 然后全班静默一分钟，然后move on。 感谢昨天Q和G的爆料，让我印象中的有些古怪的W，变成一超级可爱的老头子。 —- Q一天到lab发现电脑启动不了了，到W办公室里向W汇报后W说: “You broke your computer? ” Q郁郁而去。一会W从办公室出来，看到Q的电脑，严肃地说: “You broke your computer AGAIN ?? “Q于是怒了，说不就是我电脑挂了么，至于说这么多次么？吓得W赶紧逃了。后来Q才意识到W在开玩笑。。 —- Q一天在lab过道拐角撞到W，W说了句：“Woman driver.”后翩然而去，Q语塞当地。 —- 一天W和Q的师兄在她身后讨论她也参与的一个project，但是没叫她一起讨论。等他们讨论完，W问Q，你听见了么？ Q想了半天，是说听见还是没听见啊？听见了就是偷听，没听见也太假啦，于是说: ” A little. ” —- 周六Q在lab刻苦工作，W来了，说刚才看见楼下lab也有学生在加班做实验，然后说你们学生怎么能这样push我们老板呢？ —- Q怕W在office工作时进去问问题打扰他工作，于是每次等到他一离开office，就追上去问问题。后来谈到文化差异，W问Q，是不是东方的女人喜欢跟在男人后面的？ —- G要做TA，于是向W请示。W说，如果你系里说你合格的话，我就让你做。于是G跑去系里小秘那里问，我合格么？小秘说，当然。于是G发email和W说，我已经去系里问了，他们说我合格。W就呆住，心说我就是开个玩笑，你还真去问啊。 —- 凄风冷雨的早晨，G在lab工作，W来了，惊讶的说：”你不是应该在温暖的家里睡觉么”，G语塞。 —- G刚到lab，拿了张20刀的钞票放桌上还没来及收，W看到说，是给我的么？G再次语塞。 —- 寒冬，G穿着防寒服到lab，坐下还没来及脱，W看见问：“你很怕冷么？” G于是赶紧要脱，W就说: “Don’t make yourself uncomfortable.” 于是W只好一直穿着防寒服。。。 —- 一次全楼层的集体会，G早到了5分钟，只看见W和自己的另一个导师R在等，不知道说啥好，于是转身要走。 R问W，where is G ? W说，she is hiding. 于是G只好转身又向他们走过去。 —- 暂时记得这么多，有不尽不实之处请Q和G补充更正。 智慧依赖于情感么？刚才看了Star Trek，于是幻想星际旅行，人类遇到一种智慧生物NE，发展速度比人类快100倍，自然历史就很短，只有人类的 1/100. （关于两个星球上复杂的时间转换这里就不考虑了） 然后人类就鄙视他们，说看我们人类，智慧发展的历史多悠久啊，金字塔，兵马俑，你们都没。然后NE就哦了一下。人类看他们也没愤怒也没嫉妒，毫无表情，十分奇怪，终于发现他们根本就没有感情。 NE的发展完全由这个目的驱动：种族在环境限制下能最大限度的繁衍。于是他们一出生就学习各种知识，学习自我评估，确定当前最适合自己的才能并最有利于社会发展的职业，然后义无反顾的干下去，因为他们没有厌恶，没有动摇，所以他们在身体允许的最大限度工作，直到发现更适合自己的方向为止。如果他们自我评估发现自己的存在已经对社会需求大于贡献（比如得了绝症），就去自杀，反正他们的亲人只有理智没有情感，绝不会阻止他们。 这样每个NE都最大限度的为社会发展做贡献，而且他们没有贪婪，没有对权力的渴求，所以也不会有焚书坑儒或者自相残杀，所以NE的社会一直在发展，不会停滞，更不会倒退，自然，发展速度比人类高许多倍。 这么看来NE很像有智慧的机器人，虽然我们对智慧的定义很模糊。我的问题就是，智慧一定要依赖于情感么？没有情感的话，生物能不能进化成智慧生物？ 可能人工智能领域已经对此有深入的探讨，有了解的xdjm请多多指教。 2009/7/31 今天吃的通心粉2009/6/11 Dropbox--不仅仅是2G免费网络硬盘 Dropbox提供免费的2G在线存储空间，而且支持文件同步和分享。网上介绍Dropbox的文章很多啦，所以我就不多说了。不过以下的优点还是要大赞的： 1. 支持多台电脑的同步，并支持Windows, Mac, Linux等几乎所有操作系统。于是再也不用整天拿着U盘在台式机和本本之间来回拷东西了。 2. 映射到本地文件夹，只需要把想同步的文件拖到此文件夹就自动上传和同步，告别Upload按钮。当然你非要在网页上Upload，也没问题！ 3. 方便分享，只需要把文件放到Public子文件夹，比如我分享的几本书： The Music of Life — Biology Beyond the Genome 用系统生物学观点看什么是生命。 4. 界面清爽，操作简便，远离广告困扰。 5. 高级使用技巧，如BT下载，同步浏览器收藏夹。 我辛辛苦苦罗嗦这半天，亲爱滴读者你就去注册一个吧，请用下面这个链接注册， 会在原本的2G免费空间再加上250M哦，当然我的免费空间也会增加这么多。:) 最后小声说下，如果你是Ubuntu9.04 64bit系统，下载安装deb包后Dropbox deamon没自动运行，解决方法： 终端输入: dropbox start -i 2009/6/8 昨天的骑车路线--PA45昨天和pala出去，随便骑骑，发现一条不错的骑车路线，尤其是PA45，无敌飙车路！车少风景好下坡多（如果走对方向。。），特此推荐！ 几张pic在此，下面上地图： View State College south - PA 45 loop in a larger map 2009/6/6 超级酷的Zotero新功能很早就装了Firefox的文献管理插件Zotero，不过没怎么用，后知后觉的我终于发现，Zotero已经有了2.0 Beta版，有了很多牛B功能。如果你是研究僧，或者“永久脑损(Permanent head Damage)”，但从来没有用过Zotero的话，这里强烈推荐一下下！Zotero可以自动识别网页里的文献信息并保存下来，支持标签，分组，搜索，EndNote数据的导入导出等等。这里有一篇繁体中文的简介，官方网站上有许多英文的介绍视频。 下面单说一些Beta版的新功能。 1. 可以自动查找添加pdf文件信息。把本地的pdf文件拖到Zotero，然后右键选”Retrieve Metadata for PDF”，  第一次使用时需要安装一个PDF tool，按提示安装之后就搞定啦。于是Zotero就自动到网上搜索pdf文件的信息，如果pdf是一本书或论文，而且网上有的话，就会自动添加pdf的标题，作者，出版社，等等，超级爽啊~~这里有更多关于这个功能的介绍。 2. 可以在多台电脑上同步Zotero的数据。你只要到Zotero注册一个账号，然后在Zotero Preferences的Sync选项卡里填上你的账号和密码，  然后点右上角的绿色Sync图标就OK了。  Zotero会把数据上传到服务器，然后在其他电脑的Zotero里进行同样设置，点击Sync图标，就会自动同步。 3. 可以自动在Word里面生成参考文献注释和列表，支持MS Word, OpenOffice和NeoOffice，这个其实在1.0版本已经有了，但是2.0 Beta增加了更强大的格式编辑功能。需要先下载插件，（注意要下载和Zotero版本对应的插件，2.0 Beta的插件和1.0版本的不能通用），然后安装，OpenOffice的插件安装方法在这里，安装后的效果如下：  具体使用方法请查阅这里。 总之，Zotero是个很牛的文献管理工具，如果你现在还在奇怪，为什么要用文献管理工具这么麻烦的东东？推荐看下这篇：為什麼要用文獻管理軟體？ 2009/5/5 JavaOne会议 学生免费！以下复制粘贴自email，不知道有没有用Java的同学=.= 比较搞的是，老师如果带10个学生去，老师自己也免费 =.= “And bring 10 students and instructors/professors go free, value $1995.”
2009/5/2 科学的未来本文是Michael Nielsen The Future of Science一文的节译，很不忠实原文，只复述了大意。原文很有见地，博古通今，上知数学物理传奇，下晓wikipedia和friendfeed，而且文字读来很亲切，大家可以前去观光。不负责任的广告下，我觉得科学家和想做网站开发的人读过都会有所收获。 Michael Nielsen是量子计算领域的大牛，他写的《量子计算和量子信息》是物理界过去25年引用次数最多的著作。目前他离职专心创作同名书《The Future of Science》。 创建更好的共同记忆中学时大家可能都学过胡克定律，即弹簧伸长和受力关系的定律。但是物理老师可能没讲的是，当胡克1776年发现这一定律时，竟然是用密文“ceiiinossssttuv”发表的。两年后，他才公布了明文“ut tensio, sic vis”， （虽然这拉丁语的明文看着也像密文 –azalea），意思是“伸长随外力改变”。胡克这样做保证了即使有人后来做出同样的发现，他也可以通过密文证明自己先行一步，而且为自己率先做出进一步的发现争得了时间。 在胡克的时代，很多著名科学家都这么做。到底是牛顿还是莱布尼茨发明了微积分的争议，也源自牛顿声称自己早在十七世纪六七十年代就发明了微积分，只是1693年才发表，而莱布尼茨在此期间独立发明并发表了微积分。 为啥胡克牛顿那个时代的人行事如此隐秘？当时的炼金术士经常把自己的发现带到坟墓里。在当时的社会里，把发现公之于众对自己没有任何好处，把发现当做秘密的文化现象也就不难理解了。 胡克牛顿时代的许多科学发现促使政府等有钱的赞助者开始资助科学研究，因为科学发现经常会改善人民生活水平，而如果科学发现能够共享，则会带来更多的改善。时至今日，这种科学文化使科学家们通过分享科学发现来获得工作和声誉。 这种文化改变使得胡克牛顿时代的一个世纪后，著名物理学家Michael Faraday告诫年轻同事说：“工作。完成。发表。”现在，如果某项科学研究没有发表，就不算是完整的研究。发表文章列表是申请教职的重要参考。当1662年胡克申请皇家学会的实验教员职位时，他根本不需要提供发表文章的记录，因为，3年之后的1665年，第一份科学杂志才诞生。 科学杂志系统的采用和发展给人类文明提供了共享的知识载体，长期的共同记忆和人类发展的基础。现在互联网的发展提供了发展这一长期共同记忆和建立对话性的短期工作记忆的机会。科学发现的过程将会在未来20年见证比过去300年还多的改变。 没有努力，这种改变将不会达到。在外界看来，科学家对使用在线工具的缓慢接受实在不可思议。下面我们将讨论这是源自科学文化深处的一些阻碍的结果。本文的第一部分将讨论这些阻碍以及克服的方法。本文的第二部分将详述这些方法，并提出建立在线合作市场的建议，使科学家可以快速的交流科学问题。 第一部分：迈向更开放的科学文化 科学如何受益于互联网？互联网怎样改变科学研究的方式？可以从两个角度回答。第一，在线工具可以扩展世界共享的科学知识的范围：  两个成功的例子是：物理学杂志预印本在线分享网站 physics preprint arXiv和生物学在线数据库GenBank。更多的在线工具定位比较窄，虽然它们可能有更广阔的应用，比如：实验视频分享网站 Journal of Visualized Experiments 和科学家工作笔记分享网站 open notebook science。在不久的将来，更多这类在线工具将会出现，用来分享各种类型的知识:  思考互联网如何改变科学的另一个角度是，通过社会媒体如wiki，论坛等改变创新合作的方式和程度。 在科学界以外，互联网改变文化的例子有很多[1]。比如，1991年，无名的芬兰学生Linus Torvalds在论坛上发表了一篇短文，为扩展他业余时间开发的“玩具”操作系统寻求帮助; 在志愿者的回应下，Linux诞生了。2001年，无名的Larry Sanger发表了一篇短文，为建立在线百科全书寻求帮助; 在志愿者的帮助下，维基百科诞生了。1999年，著名国际象棋大师Garry Kasparov与“世界队”进行了象棋大战，最终获胜，他对手的每一步棋都是上千人投票选出来的。这局棋被他称为“国际象棋史上最伟大的对局”。 以上故事并非特例，而是自文字发表以来创新活动的最伟大的改变。 科学是创新合作的绝佳例子，但是科学合作仍然通过面对面交流的方式开展。除了电子邮件，科学家几乎不使用新的社交工具，虽然这些新工具可能极大的改变科学研究的方式。 为啥科学家不愿使用这些好工具？是他们太保守，还是新工具不如老的好？都不是。下面两个例子将会解开这个疑问。 科学在线的失败例子：在线评论网站像许多人一样，当我想买一本书或电子产品，我首先会看亚马逊的用户评论（我看豆瓣的 –azalea）。受到亚马逊这类网站的启发，科学家分享对论文看法的评论网站应运而生。最著名也也许是《自然》杂志2006年的公开评论试验，用户可以对投到《自然》的正在被审阅的论文进行评论。这个试验失败了。《自然》在终止试验的报告里说：
《自然》这次试验仅仅是许多建立科学评论网站的尝试之一。笔者所知最早的网站是建于1997年关闭于1998年的Quick Reviews。几年之后Physics Comments创立但于2006年关闭。最近的Science Advisor仍在运营，但它的成员数(1139)比评论数(1008）还多。人们貌似更喜欢读而不是写科学论文的评论[2]。 问题源自人们没有动力写这样的评论，虽然评论对其他科学家有益。写评论还不如做“更有意义”的事，比如写论文或申请基金。而且，如果你公开批评某人的论文，有可能这个人将是你下次论文或基金申请的匿名审稿人。 科学在线的失败例子：维基百科维基百科是科学家与在线创作擦肩而过的另一例子。维基百科有句温暖人心的梦想宣言：“想像这样一个世界，每个人都可以自由分享所有知识的综合。这是我们的使命。” 也许你以为维基百科是由梦想着汇聚全人类知识的科学家创建的。其实它的创始人Jimmy Wales来自金融领域并且是网络开发者，而非科学家。维基百科早期几乎没有科学家参与，似乎这样做是浪费时间。 有人也许会反对说，维基百科不是真正的科学。当然，如果你狭隘的认为科学就是在科学杂志上发表论文。但是如果你相信广义的科学是发现世界运转的原理并与所有人分享，那么没有科学家参与的维基百科的早期建设就是科学失去的一个机会。现在，维基百科的成功给了科学家参与的正当理由，但是，现代的亚力山大图书馆竟然来自学术界之外，这多么奇怪啊。 挑战：达到科学开放的极致在线科学网站的失败源于科学家不愿分享对他人有益的知识。这真是讽刺，因为正是早期科学家认识到开放的价值，才建立了现代科学体系。确实，在17世纪，学术杂志也许是最开放的传播知识的系统。但现在这个系统正在阻止更有效的系统被采用。 我们希望达到开放的极致，即：开放除科学论文外更多类型的内容; 通过更开放的协议和社区规范，允许对已有工作进行创造性的重用和修改; 使所有信息不仅能供人类阅读还能供机器阅读; 提供开放API，便于提供基于科学文献的附加服务甚至多层级更强大的服务。 流行文化也受到了要求开放的挑战。 Richard Stallman, Lawrence Lessig, Yochai Benkler, Cory Doctorow和很多其他人描述了开放对于网络世界的益处，并且提出了 Creative Commons 协议和 自由开源软件 来促进开放文化，并与反对力量抗争。而我们已经看到，科学面对着独特的反对开放文化的力量──传承几个世纪的分享知识的方式──需要新的理解和方法来克服这些力量。 怎样促使科学文化更开放？为建立一个接受新的在线工具的科学文化，需要完成两个挑战性任务：（1）创造出色的在线工具; （2）改变文化，使之能接受这些工具。两者同样必要，但许多在线科学项目只专注于创造工具，而把改变文化置诸脑后。这是不对的。第一份科学科学杂志（一个工具）只花了几年就从无到有，而文化转变到接受科学论文发表作为评价科学贡献的金科玉律却花了上百年。 怎么改变文化呢？有两种策略取得过成功，可以作为未来成功的模板： 一是由上而下策略，在开放获取(OA)运动中取得了成功[3]。OA运动的目的是使每个人都能免费在线获取科学研究成果。这是个鼓舞人心的目标，而且OA运动取得了惊人的成果。最瞩目的是，2008年4月，美国国家卫生研究院（NIH）强制要求 他们资助的项目发表的每篇文章最终都必需能开放获取。NIH是世界最大的基金会; 这一决定相当于攻占了科学界的巴士底狱。 二是由下而上策略。这是要求开发出衡量在线贡献的方法。比如某部门要决定是否雇用一个科学家。他的简历上写着他为开源科学wiki做过贡献，并且写博客。遗憾的是，部门委员会没办法衡量这些贡献的重要性，因为目前还没有公认的衡量标准。于是这些贡献通常都被低估了。 成功故事：arXiv 和 SPIRES一个现实中由下而上策略的例子是 physics preprint arXiv 。从1991年开始，科学家就把论文上传到这里，通常是他们投稿到传统杂志的同时。这些论文很快就能被其他人看到。现在半数的物理学家都会先把论文提交到这里。许多物理学家早上第一件事就是查看arXiv有哪些新文章。于是，arXiv是达到开放科学文化第一步的例子：一个出色的在线工具。 arXiv建立后不久，一个引用跟踪服务 SPIRES 决定共同使用arXiv论文和传统杂志的文章。SPIRES专注于粒子物理，因此现在可以搜索一个离子物理学家的名字 (例子), 就可以看到他的论文和arXiv预印论文被引用的频率。 SPIRES 在1974年由著名的粒子物理实验室──斯坦福线性加速器中心 (SLAC) 建立。SLAC在开发SPIRES上的努力使得他们的引用影响测量既值得信赖又在离子物理学界广泛使用。现在一个粒子物理学家如果仅仅把论文提交到arXiv，而非传统杂志，也可以证明自己的工作具有很大影响。当雇用委员会面试应聘的粒子物理学家时，通常都会拿着笔记本电脑查询和比较应聘者在SPIRES的引用纪录。 arXiv 和 SPIRES 没有影响粒子物理学家在杂志上发表文章。当你申请职位或竞聘终身教授时，每一克的弹药都有用，尤其是评估委员会可能有来自其他领域对SPIRES不怎么信服的人时。然而，粒子物理学家越来越对发表文章不那么严肃了，很可能一份简历会包括还没发表的arXiv论文预印本。这是一个文化变革来自从下而上策略的例子。在下面的部分，我们将讨论，这些想法能在开发促进交流的新工具上走多远。 第二部分：合作市场：建立科学界的共同工作记忆合作的问题再牛如爱因斯坦，偶尔也需要一些帮助。爱因斯坦对科学的最大贡献是广义相对论。在1907至1915年间，他时断时续地研究这个理论，经常会遇到很大的困难。到1912年，他得到了一个惊人的结论，我们通常对几何学的概念，比如三角形所有角度数之和是180度，仅仅是近似正确的，需要一种新的几何学来精确描述空间和时间。这对爱因斯坦是个很大的意外，也是很大的挑战，因为他对这种新的几何思想并不了解。幸运的是，他向他的好友，数学家Marcel Grossman讲述了他的困难。 Grossman说爱因斯坦需要的很多思想已经由数学家Bernhard Riemann总结了。爱因斯坦继续工作了三年便完成了广义相对论，Grossman帮了很大的忙，因为这是狭义相对论理论发展的关键点。 任何科学家都遇到过爱因斯坦的难题。研究中总会遇到未知领域的问题。没人能称为万事通。于是，大多数人摸索着前进，逐步学习克服困难完成目标需要的技术，而以后遇到擅长解决的问题，就暗自庆幸。我们都有合作者来讨论问题和想法，但很多时候我们的合作者也不能帮忙。他们也许能指出正确的方向，但他们很难有我们需要的技术。有没有可能把这种对话模式放大，建立成在线合作市场[4]来交流问题和想法，在某种意义上，是科学界的共同工作记忆？ 不能接受这个想法很正常，但是有一个极具创造性的文化已经显示这样的合作市场是可行的──自由开源软件。科学家如果第一次浏览开源软件项目的开发论坛，通常会吃惊于讨论的高度。他们也许以为讨论的是K歌吧的休闲时光，而实际上，专业程序员交流问题和想法，并认真和建设性地解决他人的问题。程序员揭示并交换问题，而不像科学家们隐藏自己的问题和想法，怕被别人抢去。许多世界顶级程序员长期泡在论坛里，交换技巧，解答问题，参与讨论。 Innocentive下面我来介绍两个例子，他们说明科学合作市场也许是有价值的。一是 Innocentive，一项让大公司如礼来（ Eli Lilly ）和（Proctor and Gamble）在互联网上发布挑战问题的服务。挑战问题通常是科学研究问题，对解决方法通常会提供数千美元的奖励。比如，Innocentive目前的一个挑战问题是要求参与者找到运动神经元病的生物标记，奖金是一百万美元。175个国家的140,000人注册了，超过100个挑战问题的奖金已经颁发。 Innocentive 是建立科学问题和解决方法市场的例子。当然，它作为基础研究的合作模型是有缺点的。仅有一小部分公司可以发布挑战问题，而且发布之前要经过很长的审查。Innocentive的商业模型是面向工业界而非科学研究界的，因此推动力在于金钱和知识产权，而不是声誉和引用。而且它显然不是个论坛般的快速对话工具; 你不会一醒来脑子里有个问题就发布到Innocentive, 希望能获得快速的解答。（想起了百度知道 –azalea) FriendFeedFriendFeed 是个更灵活的工具，被科学家用来讨论科学研究问题。FriendFeed 允许用户建立所谓的生活流 （lifestream）。比如，我的生活流 自动聚合了基本上我网上的所有东东，包括博文，del.icio.us链接, YouTube视频, 以及其他内容 (图略 –azalea)。 我也订阅了大约一百个“好友”，我可以把他们的生活流汇聚成一条巨大的信息河流──他们的Flickr照片，博文等。这些人未必我真正的朋友──我并不认识我的“好友” Barack Obama ──但这是追踪一大群人一大堆活动的极好的方法。 作为生活流的组成部分，FriendFeed允许信息简便快捷的来回传播，因此围绕共同兴趣可以形成社区，分享友谊。2008年4月, 南安普顿大学的化学家 Cameron Neylon 用FriendFeed消息发表了题为 request for assistance 的关于建立分子模型的问题。很快 Pawel Szczesny 回复说他可以帮忙。科学合作就这样展开了。原文和讨论在此：  FriendFeed 是项好服务，但是它也受到影响其他评论网站如维基百科的那些问题的影响。由于没有衡量贡献的方法，科学家很难重度使用 FriendFeed作为科学合作的媒介。而且，如果没有广泛的用户，使用FriendFeed来进行科学合作仍难以普及。 合作经济学当前合作系统的低效导致了多少损失？为了回答这个问题，请想像一个科学家张三。张三研究中遇到了她没想到的问题。她遇到了成百上千的问题，她知道大多数时候自己并不是解决这些问题的最好人选。 假设某个问题，张三估计自己要花4到5周学习相关技术才能解决。问题已经火烧眉毛，4到5周太久了。张三不知道的是，世界的另一边有个科学家李四，他能在一天内解决张三的问题。这很可能发生，想想Grossmann的例子，他一句建议节省了爱因斯坦可能花上几年的额外工作。 张三和李四能交换问题和想法然后着手解决问题么？很不幸，九成他们一辈子也遇不到，或者遇到了，他们只是随便聊聊。他们失去了互惠贸易的机会，这个损失也许会给张三增加数周的工作量。这也是社会的损失，因为社会一年为科学花费数十亿美元。专家的注意是科学界最稀缺的资源，但是在现存的合作方式下被低效的利用着。 有效的合作市场能使张三和李四找到共同兴趣并交流经验，如同 eBay 和 craigslist 使用户能交换物品和服务。 然而，为了使合作成为可能，需要共同信任。没有信任的话，张三不会向整个社区发布她的问题。搭便车的人为自己谋取利益（并损害张三利益）的风险太高了。 科学界对这样的情形已经习以为常。那么我们来和买鞋这个看似风马牛不相及的问题做一比较。张三拿着钱走进鞋店，她想买鞋而不想留着钱，但是卖鞋的李四想要钱不想要鞋。于是李四交鞋张三交钱，大家都开心的走了。这个迅速的交易能够发生是因为信任基础的存在和法律的保障。 如果鞋店像科学家交换思想一样，首先张三和李四要认识对方，也许要在附近酒吧一起喝几次酒。终于，张三说：“嘿，我想搞些鞋。”沉默，然后几杯酒下肚，李四说： “我说那个啥, 我刚好有几双鞋想卖掉”。每个科学家都熟悉这种情形; 我认识一些科学家，交流科学信息比卖房子更使他们紧张。 经济学早已告诉我们，当降低贸易壁垒时，财富才能增加，如果有信任基础和法律保障并且贸易是自愿的话。这个在1817年由 David Ricardo 提出的理论指出，我们要专注于有比较优势的领域，避免有比较劣势的领域。 虽然 Ricardo 的工作是经济学领域，他的分析在思想交换上仍然有效。确实，即使张三比李四更有竞争力，Ricardo的分析显示 如果张三专注于自己有比较优势的领域，而李四专注于自己不太有劣势的领域，张三和李四都能从中获益。不幸的是，科学界现在缺乏这种自由交流问题和思想的信任基础和动力。 理想的合作市场将使这种问题和思想的交流成为可能。它将规范贡献的衡量方法，使参与者能证明自己工作的影响力。贡献会被存档、纪录时间并签名，因此何人何时说过什么都一目了然。 通过与高效的过滤和搜索相结合，一个开放的相互信任的文化将产生，科学家会乐于外包问题，并在自己的优势领域做出贡献。这将会改变科学。 脚注[2] 整合在线评论和其他创造性特点的一个试验是 PLoS ONE 。现在判断它的评论成功与否还为时过早。 [3] 我强烈推荐Peter Suber的 Open Access News ，这是关于开放获取所有方面的极好资源。 [4] Shirley Wu 和 Cameron Neylon 写了很有启发的博文，讨论了关于合作市场的想法。 |
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是一本极好的书，充满了对合作新途径的兴趣。|
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